La fonte des semis peut être causée par divers champignons dont Pythium spp., Fusarium spp., Phytophthora spp. et Rhizoctonia solani. La fonte des semis par Pythium est sans contredit la plus fréquente. Rhizoctonia solani est un champignon ubiquiste qui affecte de nombreuses cultures et différents organes. Il se tient généralement dans la couche supérieure du sol (dix premiers centimètres) où il colonise la matière organique. Le sol demeure infecté de façon permanente. Chez le poivron, il peut provoquer de la fonte des semis en pré- et postémergence, de la pourriture du collet et parfois de la pourriture racinaire. Contrairement aux oomycètes, R. solani attaque les plantules à un stade plus avancé (fonte des semis tardive) et sous des conditions plus sèches. Chez les solanacées, le poivron et l’aubergine sont plus sensibles que la tomate. La fonte des semis par Rhizoctonia apparaît sur les organes qui sont en contact avec un sol chaud, humide et acide. Les jeunes plants sont davantage touchés que les plants plus âgés. Au champ, la maladie se manifeste sur les transplants nouvellement plantés. L’utilisation de substrats artificiels ou de la laine de roche en serre a permis de produire des transplants de qualité, réduisant considérablement les risques de développement de la maladie au champ. En serre, la fonte des semis est parfois importante dans les cultures hydroponiques lorsque les mesures d’hygiène ne sont pas respectées. Les symptômes apparaissent en foyer ou de manière éparse.
Le champignon hiverne sur les résidus de culture sous la forme de mycélium ou dans le sol sous la forme de sclérotes (plusieurs années). On peut également le retrouver sur et à l’intérieur des semences. Rhizoctonia solani ne produit aucune spore. Les sclérotes germent et produisent du mycélium. Le réseau mycélien formé sur les tissus et le sol progresse pour envahir les organes sains et assurer sa propagation. La dissémination du champignon se fait par le vent, l’eau (pluie, éclaboussure et irrigation), les particules de sol contaminées et la machinerie. Le mycélium entre dans les plants directement par la cuticule des jeunes tissus succulents ou par les blessures où il infecte les plants. Rhizoctonia solani cause la destruction rapide des tissus par le biais d’une action vive et destructrice de ses enzymes. Le développement du champignon est influencé par les conditions du sol (température, humidité et pH). L’infection a lieu lorsque la température du sol se situe autour de 32 °C. La maladie est plus grave dans les sols secs et est moins affectée par le contenu en eau du sol. Dans des conditions humides, il est parfois possible d’observer un mycélium à la surface du sol ou des tissus infectés. La sensibilité des plants diminue avec la maturité des plants.
En serre, il faut éviter tout contact avec le sol et les planchers, car les particules de sol peuvent contenir le champignon et transmettre la maladie. Lorsque l’infection débute dans les plateaux de semis, la maladie peut se propager rapidement à tous les plants.
Plantule (fonte des semis en préémergence) : la semence infectée peut pourrir avant de germer. Elle devient brune, molle, ratatinée et se décompose ou elle pourrit après avoir germé. Les parties souterraines en formation peuvent montrer des lésions brun rougeâtre sur l’hypocotyle puis meurent avant d’émerger à la surface du sol.
Plantule (fonte des semis en postémergence) : les plantules montrent des tissus bruns, secs, et une constriction brune au niveau du collet ou de la partie basale de la tige (symptôme de la tige fil de fer). Les plantules infectées ont un retard de croissance, sont chétives, flétrissent, s’affaissent et meurent. Après le repiquage au champ, les transplants peuvent montrer de la pourriture au collet et occasionnellement sur les racines.
La fonte des semis causée par Rhizoctonia solani peut être confondue avec celle causée par Pythium et Phytophthora. La fonte des semis par les oomycètes cause une pourriture humide brune à la base de la tige et le système racinaire est fréquemment affecté. La fonte des semis par R. solani cause des tissus secs bruns et une constriction au niveau de la tige ou du collet.
Pour diminuer la fonte des semis causée par Rhizoctonia solani, il faut favoriser une levée rapide et une croissance vigoureuse des plantules. Il faut utiliser des semences certifiées ou traitées avec des fongicides et des transplants de qualité. Il faut offrir des conditions de croissance optimale (fertilisation, circulation d’air entre les plants, irrigation) et un sol bien drainé. Faire une rotation des cultures avec des plantes non hôtes (céréales, maïs, graminées fourragères). Assurer le nettoyage et la désinfection des mains des travailleurs et des outils. Éviter les blessures et les éclaboussures d’eau contenant des particules de sol.
En pépinière et en serre, éliminer les plants malades et les débris végétaux, utiliser des milieux de culture stériles, assurer une bonne gestion du climat (humidité, température, ventilation) et de l’irrigation et assurer le nettoyage et la désinfection des serres et de tout le matériel utilisé. Éviter les plantations trop denses. Des traitements fongiques sont disponibles en champ et en serre.
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http://seminisus.s3.amazonaws.com/wp-content/uploads/2014/09/SEM-12095_PepperDiseases_8p5x11_072313.pdf